Les bactériophages, virus spécifiques des bactéries, constituent une stratégie thérapeutique prometteuse pour lutter contre les bactéries résistantes aux antibiotiques et/ou formant du biofilm, comme les staphylocoques. Ces derniers sont fréquemment responsables d’infections ostéo-articulaires (IOA) très difficiles à traiter et donc associés à des infections chroniques et/ou recidivantes. Dans ce contexte, notre consortium a pour objectif de développer une production de phages thérapeutiques en accord avec la volonté de l’ANSM d’encourager le développement d’une plateforme académique nationale de phagothérapie. Nous rapportons l’isolement et la caractérisation de nouveaux phages anti-Staphylococcus ainsi que l’évaluation de leur activité sur une collection de souches cliniques de S. aureus (SA) et de staphylocoques à coagulase négative (SCN) pour évaluer leur potentiel thérapeutique.

Dix-sept phages ont été isolés à partir d’échantillons d’eaux usées. Leur identification a été obtenue par séquençage complet de leur génome par la technique Illumina. Pour évaluer leur spectre d’activité, 30 souches de SA génétiquement caractérisées et représentatives des principaux fonds génétiques ainsi que 32 souches appartenant à 7 espèces de SCN responsables d’IOA ont été testées. La technique du spot test, basée sur la détermination du ratio Efficiency Of Plating, a été utilisée (EOP, ratio entre le titre de phages obtenu sur une souche testée/titre sur une souche de référence, proche de 1 si forte sensibilité au phage).

Tous les phages isolés appartiennent à la famille des Myoviridae: 14/17 et 3/17 aux genres Kayvirus et Silviavirus respectivement. Les phages Silviavirus étaient plus actifs sur les souches de SA (EOP>0,001 pour 73 à 90 % des souches) que les phages Kayvirus (EOP>0,001 pour 13 à 70 % des souches, à l’exception de V1SA21 : 80 %). Au total, 83% des souches étaient sensibles au phage présentant le spectre le plus large dans chacun des genres, leur combinaison représentant une opportunité prometteuse pour prévenir l’émergence de résistance. Les phages Kayvirus avaient une activité étendue à plusieurs espèces de SCN (47 % des souches de SCN testées pour le phage avec le spectre le plus large), principalement S. lugdunensis, S. capitis et S. caprae, alors que les phages Silviavirus étaient seulement actifs sur 6 à 12 % des souches testées.

Nous rapportons la caractérisation d’une large collection de nouveaux phages appartenant à deux genres différents présentant des spectres complémentaires contre une collection de souches de SA et SCN. Les travaux ultérieurs se concentrent actuellement (i) sur l’isolement de phages anti-S. epidermidis, espèce peu sensible aux phages décrits alors qu’elle constitue un pathogène majeur dans le contexte des IOA, (ii) au développement des protocoles de production et purification de ces phages afin de répondre aux exigences de l’ANSM dans le cadre d’une administration chez l’homme.