Une culture d’échantillon clinique positive à une bactérie du genre Streptomyces, bacilles Gram-positif ramifiés de l’environnement, est difficile à interpréter. L’objectif de l’étude était de décrire l’épidémiologie microbiologique des souches de Streptomyces identifiées dans des prélèvements cliniques en France et de décrire les caractéristiques cliniques des patients, en comparant infections invasives et contaminations/colonisations.

Dans cette cohorte multicentrique nationale rétrospective (2006–2017) à partir de la base de données de l’Observatoire Français des Nocardioses (OFN), toute souche bactérienne était incluse après accord du médecin du patient et non-opposition de ce dernier. De plus, un appel à observations a été réalisé via la collégiale de bactériologie/virologie/hygiène et infectio-flash. L’identification de genre était faite par PCR spécifique avec amplification et détection d’un gène codant pour l’ARNr 16s. L’antibiogramme était réalisé par technique de diffusion d’antibiotique en disque sur gélose Mueller-Hinton (MH). La sensibilité au cotrimoxazole était étudiée par E-test si suspicion de résistance. Le recueil clinique était complété et revu par le médecin du patient et l’investigateur. Une contamination correspondait à un prélèvement positif sans signe d’infection, une colonisation à plus d’un prélèvement positif sans signe d’infection, une infection primitive cutanée à une infection cutanée après inoculation directe et une infection invasive à un site normalement stérile avec un prélèvement positif avec signes d’infection sans inoculation cutanée. L’infection disséminée correspondait à une atteinte d’au moins deux organes non-contigus.

Sur 135 souches isolées d’échantillons cliniques collectées par l’OFN (2006–2017), l’imipénème, l’amikacine et le linézolide étaient actifs sur plus de 92 % d’entre elles (104/112, 112/112, 111/111) alors que le cotrimoxazole était actif dans 50 % des cas par diffusion d’antibiotique en disque sur gélose (57/111). Cette sensibilité était de 98,6 % (69/70) par E-test. L’âge moyen des patients était 62 ans [47–75], avec majorité d’hommes (69,5 %). Le poumon était le principal organe atteint (51,9 %). Sur 60 recueils cliniques, 30 infections invasives, 24 contaminations/colonisations et 7 infections cutanées primitives étaient décrites. Parmi les infections invasives, 48,3 % des patients avaient une pathologie pulmonaire sous-jacente et 30 % une tumeur solide. Le seul facteur significatif en comparant forme invasive vs contamination/colonisation était la corticothérapie (p<0,036). 78.6 % des patients étaient traités par antibiotiques seuls, 3,5 % par chirurgie seule et 17,8 % avec les deux (22/28, 1/28, 5/28, respectivement). La durée médiane d’antibiotiques était de 30,5jours [5–365], avec rechute pour 18,2 % patients (4/22).

Dans cette cohorte rétrospective, la moitié des identifications de Streptomyces correspondait à une infection invasive. Dans ces cas, imipénème, linézolide, amikacine ou cotrimoxazole sont à favoriser en probabiliste.