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Identification of differentially expressed lncRNAs as potential plasma biomarkers for active tuberculosis - 28/05/21

Doi : 10.1016/j.tube.2021.102065 
Yalun Fang a, b, 1 , Jingjie Zhao a, 1 , Xiaoyan Wang c , Xinfeng Wang d , Li Wang a , Ling Liu a , Junli Liu a , Meng Gao a , Chao Yuan a,
a Department of Clinical Laboratory, The Second Hospital, Cheeloo College of Medicine, Shandong University, 250033, Jinan, Shandong, People's Republic of China 
b Department of Clinical Laboratory, Qilu Hospital of Shandong University (Qingdao), 266000, Qingdao, Shandong, People's Republic of China 
c Department of Clinical Laboratory, Shandong Provincial Hospital Affiliated to Shandong First Medical University, 250021, Jinan, Shandong, People's Republic of China 
d Department of Lab Medicine, Shandong Provincial Chest Hospital, 250013, Jinan, Shandong, People's Republic of China 

Corresponding author. 247 Beiyuan Street, 250033, Jinan, Shandong, People's Republic of China.247 Beiyuan StreetJinanShandong250033People's Republic of China

Abstract

Background

Tuberculosis, one of the deadliest infectious diseases worldwide, is difficult to diagnose. As long noncoding RNAs (lncRNAs) were demonstrated to be promising biomarkers, we aimed to identify lncRNAs in plasma as potential biomarkers for tuberculosis.

Methods

We analyzed a GEO dataset (GSE94907) to identify the differential lncRNAs in serum exosomes between active tuberculosis (ATB) patients and healthy controls. To search for promising candidates that can be used for tuberculosis diagnosis, we excluded low-abundance lncRNAs using a cutoff value of FPKM >5. Four lncRNAs were selected for validation using real-time quantitative PCR in 69 ATB patients and 69 healthy individuals. A receiver operating characteristic (ROC) curve was constructed to evaluate the diagnostic value of these lncRNAs for ATB.

Results

Integrated analysis of the GEO dataset and NONCODE database identified nine dysregulated lncRNAs in ATB patient serum exosomes. Compared with the heathy controls, NONHSAT101518.2, NONHSAT067134.2, NONHSAT148822.1 and NONHSAT078957.2 were significantly downregulated in ATB patient plasma. ROC curve analysis suggests that these four lncRNAs can discriminate ATB from healthy individuals with high specificity and sensitivity.

Conclusion

We identified four differentially expressed lncRNAs in ATB patient plasma that can be used as potential diagnostic biomarkers of ATB.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Active tuberculosis, Long noncoding RNA, Biomarker, Plasma


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