Les biofilms sont un mode de persistance, notamment à la surface des muqueuses, de 99,99 % des bactéries et levures, dans un état métaboliquement peu actif. Elles y partagent au mieux les substrats, mais s’y contrôlent les unes les autres, via la sécrétion de peptides anti-microbiens. Elles y mutualisent aussi leur défense contre les menaces extérieures par la synthèse d’un abri commun, traversé de fins canaux, fait d’un mélange de glycoprotéines (variables selon les espèces de bactéries/levures), d’ADN extracellulaires bactériens ou fongiques, et de molécules d’attachement, dont des molécules amyloïdes. Cette gangue et/ou l’état dormant induit de certaines de ces bactéries/levures peut induire des faux négatifs des méthodes de détection usuelle des agents infectieux, y compris PCR. Des bactéries peuvent aussi persister sous forme de biofilms intracellulaires au sein des macrophages et utiliser ces chevaux de Troie pour migrer des muqueuses aux articulations, dans lesquelles des biofilms extracellulaires peuvent se reformer grâce à la présence facilitante du liquide synovial. Certains biofilms peuvent induire un état de phagocytose frustrée des macrophages, source d’inflammation chronique, et/ou provoquer des phénomènes de NETose inefficace des polynucléaires. S’en suit une libération d’ADN humain et de molécules citrullinées associées à des molécules amyloïdes bactériennes, pouvant aboutir à une auto-immunisation à l’encontre de ces antigènes, cibles des auto-anticorps des rhumatismes inflammatoires. Les sels d’or, qui pouvaient induire des rémissions très durables des polyarthrites rhumatoïdes, sont ex vivo plus efficaces sur les biofilms que les antibiotiques. Des biofilms pourraient donc participer à l’initiation et/ou aux poussées des rhumatismes inflammatoires chroniques.