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Molecular diversity of the aminoterminal region of the G protein gene of human respiratory syncytial virus subgroup B - 15/04/08

Doi : 10.1016/j.patbio.2007.06.001 
I. Fodha a, A. Vabret b, L. Bouslama c, M. Leroux b, L. Legrand b, J. Dina b, S. Gouarin b, J. Petitjean b, J. Dewar d, A. Trabelsi a, , N. Boujaafar a, F. Freymuth b
a Laboratory of bacteriology–virology, university hospital Sahloul, 4000 Sousse, Tunisia 
b Laboratory of human and molecular virology, Caen university hospital, avenue Georges-Clemenceau, 14033 Caen cedex, France 
c Faculty of Pharmacy, avenue Avicenne, 5000 Monastir, Tunisia 
d MRC/Medunsa Diarrhoeal Pathogens Research Unit, Department of Virology, University of Limpopo, South Africa 

Corresponding author.

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Abstract

Two major antigenic subgroups (designated A and B) have been described for human respiratory syncytial virus (HRSV). Between and within the two main subgroups, there is antigenic variation in the attachment protein G. The variability of the G protein is known to be located in two hypervariable regions of the ectodomain. Most investigators have studied the gene segment coding the C-terminal end of the protein, and little is known about the N-terminal variable region. In the present study, the genetic variability of HRSV subgroup B was evaluated by nucleotide sequencing of the N-terminal region of the G gene of 52 Tunisian isolates. Tunisian subgroup B isolates clustered into two main lineages designated arbitrarily as Tu-GB1 and Tu-GB2. Three distinct subtypes were identified within genotype Tu-GB2. The inter- and intragenotype nucleotide variability ranged from 4 to 8% and from 0 to 4%, respectively. Overall divergence values of the G sequences were inferior or equal to 15% at the aminoacid level. Comparison of sequences among Tunisian HRSV strains and viruses isolated in other geographical areas during different epidemics demonstrated close similarity to strains from Kenya, Belgium, the UK, Qatar, Canada and South Korea.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Résumé

Deux grands sous-groupes antigéniques (désignés A et B) ont été décrits pour le virus respiratoire syncytial humain (VRSH). Il existe des différences antigéniques au niveau de la protéine G d’attachement aussi bien d’un sous-groupe à l’autre qu’au sein d’un même sous-groupe. Il a été démontré que la variabilité de la protéine G était localisée au niveau de deux régions hypervariables du domaine extracellulaire. La plupart des études réalisées jusqu’ici sont restées focalisées sur la partie du gène codant pour la région C-terminale de la protéine G, et les données concernant la région N-terminale sont restées très insuffisantes. Dans cette étude, la variabilité génétique des VRSH du sous-groupe B a été évaluée par séquençage nucléotidique de la région N-terminale du gène G de 52 souches tunisiennes. Les souches tunisiennes de VRSH B ont ainsi pu être subdivisées en deux grands génotypes désignés arbitrairement Tu-GB1 et Tu-GB2. Trois sous-types distincts ont été mis en évidence au sein du génotype Tu-GB2. La variabilité nucléotidique inter- et intragénotypique était comprise entre 4–8% et 0–4%, respectivement. La divergence globale des séquences était inférieure ou égale à 15% au niveau aminoacidique. La comparaison des séquences entre les souches tunisiennes de VRSH et les souches isolées à travers plusieurs épidémies survenues dans différentes régions géographiques du monde a permis de mettre en évidence une similarité étroite des souches tunisiennes avec des souches isolées au Kenya, en Belgique, au Royaume-Uni, au Qatar, au Canada et en Corée du Sud.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Respiratory syncytial virus, Glycoprotein G, Sequence, N-terminal

Mots clés : Virus respiratoire syncytial, Glycoprotéine G, Séquence nucléotidique, Région N-terminale


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Vol 56 - N° 2

P. 50-57 - mars 2008 Retour au numéro
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