Le déficit en α1-antitrypsine est une maladie génétique relativement fréquente dans toutes les races, de transmission autosomique codominante. Elle atteint le foie, où la protéine est synthétisée, et le poumon, où elle agit. La maladie peut se révéler par une cholestase néonatale (15 % des nouveau-nés déficitaires), ou une cirrhose dans l'enfance (3 % des patients, dans 80 % des cas après une cholestase néonatale), ou une cirrhose chez l'adulte, ou seulement une hépatomégalie, ou des anomalies biologiques. L'anomalie moléculaire la plus fréquente est une mutation ponctuelle, conduisant à la synthèse d'une protéine anormalement conformée (α1-antitrypsine Z), polymérisant dans le réticulum endoplasmique sans être sécrétée. Le large éventail d'expression clinique peut s'expliquer par la variabilité interindividuelle des réponses de stress cellulaire et des mécanismes de dégradation des polymères anormaux dans l'hépatocyte. Le traitement de la maladie hépatique est celui des complications de la cirrhose. L'atteinte respiratoire est un emphysème précoce (après 35-40 ans), très aggravé par le tabac, dont le traitement spécifique est l'injection intraveineuse d'α1-antitrypsine, qui peut ralentir l'évolution. Des traitements ciblant la polymérisation et la dégradation des polymères sont à l'étude pour le contrôle de l'atteinte hépatique. Le gène à l'état hétérozygote est un facteur de risque d'aggravation d'autres maladies hépatiques ou pulmonaires.