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STROBE-metagenomics: a STROBE extension statement to guide the reporting of metagenomics studies - 24/09/20

Doi : 10.1016/S1473-3099(20)30199-7 
Tehmina Bharucha, MRCP a, c, , Clarissa Oeser, PhD d, Francois Balloux, PhD e, Julianne R Brown, PhD g, Ellen C Carbo, MSc i, Andre Charlett, PhD j, Charles Y Chiu, ProfPhD k, Eric C J Claas, PhD i, Marcus C de Goffau, PhD l, m, Jutte J C de Vries, PhD i, Marc Eloit, ProfPhD n, Susan Hopkins, PhD o, p, Jim F Huggett, PhD q, r, Duncan MacCannell, PhD s, Sofia Morfopoulou, PhD f, Avindra Nath, ProfMD t, Denise M O’Sullivan, PhD q, Lauren B Reoma, MD t, Liam P Shaw, PhD b, Igor Sidorov, PhD i, Patricia J Simner, PhD u, Le Van Tan, PhD v, Emma C Thomson, ProfFRCP w, Lucy van Dorp, PhD e, Michael R Wilson, MD x, Judith Breuer, ProfMD f, h, Nigel Field, PhD d
a Department of Biochemistry, University of Oxford, Oxford, UK 
b Nuffield Department of Medicine, University of Oxford, Oxford, UK 
c Lao-Oxford-Mahosot Hospital-Wellcome Trust Research Unit, Microbiology Laboratory, Mahosot Hospital, Vientiane, Laos 
d Centre for Molecular Epidemiology and Translational Research, University College London, London, UK 
e UCL Genetics Institute, University College London, London, UK 
f Division of Infection and Immunity, University College London, London, UK 
g Microbiology, Virology and Infection Prevention and Control, Great Ormond Street Hospital for Children, London, UK 
h Great Ormond Street Hospital for Children, London, UK 
i Department of Medical Microbiology, Leiden University Medical Center, Leiden, Netherlands 
j Statistics, Modelling and Economics Department, Public Health England, London, UK 
k Department of Laboratory Medicine, University of California San Francisco, San Francisco, CA, USA 
l Wellcome Sanger Institute, Hinxton, UK 
m Department of Veterinary Medicine, University of Cambridge, Cambridge, UK 
n Pathogen Discovery Laboratory, Institut Pasteur, Paris, France 
o Healthcare-Associated Infection and Antimicrobial Resistance, Public Health England, London, UK 
p Infectious Diseases Unit, Royal Free Hospital, London, UK 
q National Measurement Laboratory, LGC, Teddington, UK 
r School of Biosciences & Medicine, Faculty of Health & Medical Sciences, University of Surrey, Guildford, UK 
s Office of Advanced Molecular Detection, Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, GA, USA 
t Section of Infections of the Nervous System, National Institutes of Health, Bethesda, MD, USA 
u Department of Pathology, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD, USA 
v Emerging Infections Group, Oxford University Clinical Research Unit, Ho Chi Minh city, Vietnam 
w MRC-University of Glasgow Centre for Virus Research, University of Glasgow, Glasgow, UK 
x Weill Institute for Neurosciences and Department of Neurology, University of California, San Francisco, CA, USA 

* Correspondence to: Dr Tehmina Bharucha, Institute of Glycobiology, Department of Biochemistry, University of Oxford, Oxford, OX1 3RQ, UK Institute of Glycobiology Department of Biochemistry University of Oxford Oxford OX1 3RQ UK

Summary

The term metagenomics refers to the use of sequencing methods to simultaneously identify genomic material from all organisms present in a sample, with the advantage of greater taxonomic resolution than culture or other methods. Applications include pathogen detection and discovery, species characterisation, antimicrobial resistance detection, virulence profiling, and study of the microbiome and microecological factors affecting health. However, metagenomics involves complex and multistep processes and there are important technical and methodological challenges that require careful consideration to support valid inference. We co-ordinated a multidisciplinary, international expert group to establish reporting guidelines that address specimen processing, nucleic acid extraction, sequencing platforms, bioinformatics considerations, quality assurance, limits of detection, power and sample size, confirmatory testing, causality criteria, cost, and ethical issues. The guidance recognises that metagenomics research requires pragmatism and caution in interpretation, and that this field is rapidly evolving.

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