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The global meningitis genome partnership - 22/09/20

Doi : 10.1016/j.jinf.2020.06.064 
Elizabeth Rodgers a, , Stephen D. Bentley b, Ray Borrow c, Holly B. Bratcher d, Sylvain Brisse e, Angela B. Brueggemann f, Dominique A. Caugant g, Jamie Findlow h, LeAnne Fox i, Linda Glennie a, Lee H. Harrison j, Odile B. Harrison d, Robert S. Heyderman k, Melissa Jansen van Rensburg f, Keith A. Jolley d, Brenda Kwambana-Adams k, Shamez Ladhani l, Marc LaForce m, Michael Levin n, Jay Lucidarme c, Neil MacAlasdair b, Jenny Maclennan d, Martin C.J. Maiden d, Laura Maynard-Smith d, Alessandro Muzzi o, Philipp Oster p, Charlene M.C. Rodrigues d, Olivier Ronveaux q, Laura Serino o, Vinny Smith a, Arie van der Ende r, Julio Vázquez s, Xin Wang i, Saber Yezli t, James M. Stuart q
a Meningitis Research Foundation, Newminster House, 27-29 Newminster House, Baldwin Street, Bristol BS1 1LT, UK 
b Wellcome Sanger Institute, Parasites and microbes, Hinxton CB10 1SA, UK 
c Public Health England, Meningococcal Reference Unit, Manchester Royal Infirmary, Manchester M13 9WZ, UK 
d Department of Zoology, University of Oxford, Oxford OX1 3SY, UK 
e Institut Pasteur, Biodiversity and Epidemiology of Bacterial Pathogens, Paris, France 
f Nuffield Department of Population Health, University of Oxford, Oxford OX3 7LF, UK 
g Division for Infection Control and Environmental Health, Norwegian Institute of Public Health, Oslo, Norway 
h Pfizer Limited, Walton Oaks, Dorking Road, Tadworth, Surrey KT20 7NS, UK 
i Meningitis and Vaccine Preventable Disease Branch, Division of Bacterial Diseases, Centers for Disease Control and Prevention, United States 
j Infectious Diseases Epidemiology Research Unit, University of Pittsburgh, Pittsburgh, PA, United States 
k NIHR Global Health Mucosal Pathogens Research Unit, Division of Infection & Immunity, University College London, London, UK 
l Public Health England, Immunisation and Countermeasures Division, 61 Colindale Avenue, London NW9 5EQ, UK; Paediatric Infectious Diseases Research Group (PIDRG), St. George's University of London, Cranmer Terrace, London SW17 0RE, UK 
m Serum Institute of India, Ltd, Pune, India 
n Imperial College London, Paediatrics, London, UK 
o GSK, Siena, Italy 
p Sanofi Pasteur, Lyon, France 
q WHO, Geneva, Switzerland 
r Department of Medical Microbiology and Infection Prevention, University of Amsterdam, Amsterdam UMC and, the Netherlands Reference Laboratory for Bacterial Meningitis, Amsterdam, the Netherlands 
s Institute of Health Carlos III, Madrid, Spain 
t Ministry of Health, The Global Centre for Mass Gatherings Medicine, Riyadh, Saudi Arabia 

Corresponding author.

Highlights

Current WGS collections are not representative of the global meningitis picture.
A global overview of WGS data is needed for timely public health intervention.
WHO roadmap to defeat meningitis is ideal stimulus to improve genomic surveillance.
Global Meningitis Genome Partnership will be a major factor in facilitating this.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Summary

Genomic surveillance of bacterial meningitis pathogens is essential for effective disease control globally, enabling identification of emerging and expanding strains and consequent public health interventions. While there has been a rise in the use of whole genome sequencing, this has been driven predominately by a subset of countries with adequate capacity and resources. Global capacity to participate in surveillance needs to be expanded, particularly in low and middle-income countries with high disease burdens. In light of this, the WHO-led collaboration, Defeating Meningitis by 2030 Global Roadmap, has called for the establishment of a Global Meningitis Genome Partnership that links resources for: N. meningitidis (Nm), S. pneumoniae (Sp), H. influenzae (Hi) and S. agalactiae (Sa) to improve worldwide co-ordination of strain identification and tracking. Existing platforms containing relevant genomes include: PubMLST: Nm (31,622), Sp (15,132), Hi (1935), Sa (9026); The Wellcome Sanger Institute: Nm (13,711), Sp (> 24,000), Sa (6200), Hi (1738); and BMGAP: Nm (8785), Hi (2030). A steering group is being established to coordinate the initiative and encourage high-quality data curation. Next steps include: developing guidelines on open-access sharing of genomic data; defining a core set of metadata; and facilitating development of user-friendly interfaces that represent publicly available data.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Whole genome sequencing, Genome partnership, Neisseria meningitidis, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus agalactiae, Haemophilus influenzae, Bacterial meningitis, Epidemiology


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Vol 81 - N° 4

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