Il existe 4 espèces de coronavirus humains (HCoV) communautaires en France : HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-HKU1 et HCoV-NL63. Ces HCoV sont principalement associés à des infections respiratoires hautes. Nous décrivons ici plus particulièrement le HCoV-HKU1, virus décrit pour la première fois en 2005 à Hong Kong chez un patient âgé qui présentait une pneumopathie. Le HCoV-HKU1 a une distribution mondiale et a parfois été associé à des infections respiratoires basses sévères à type de bronchiolite ou de pneumopathie. Les différentes études suggèrent que l’infection à HCoV-HKU1 peut être aggravée chez les patients présentant des facteurs de comorbidité. Il est détecté chez 0,5 à 10 % des patients présentant une infection respiratoire aiguë et les co-infections avec d’autres virus respiratoires sont fréquentes. Nous décrivons ici les caractéristiques épidémiologiques des infections à HCoV-HKU1 diagnostiquées dans les hôpitaux publics de Marseille.

Un total de 16 357 prélèvements respiratoires (11 976 patients) a été testé pour un panel de virus respiratoires sur la période du 1^er janvier 2017 au 31 décembre 2019, au laboratoire de microbiologie clinique de l’institut hospitalo-universitaire Méditerranée Infection de l’Assistance publique–Hôpitaux de Marseille. Le diagnostic des infections à coronavirus HCoV-HKU1 a été réalisé par PCR temps réel avec les trousses FTD Respiratory pathogens 21 (Fast Track Diagnosis, Luxembourg) ou Biofire Filmarray Respiratory panel 2 plus (Biomérieux, France).

Au total, 554 prélèvements (483 patients), soit 3,4 % des échantillons testés, étaient positifs pour un des quatre coronavirus communautaires. Soixante et un prélèvements (56 patients) étaient positifs pour le HCoV-HKU1, soit 0,49 % (61/16 357) des prélèvements testés et 11 % (61/554) des échantillons positifs pour un coronavirus. 41 % (25/61) des patients positifs pour HCoV-HKU1 avaient moins de deux ans. À noter que l’infection touchait moins les hommes que les femmes avec un sex-ratio de 0,79 (34 femmes ; 27 hommes). Nous rapportons un cas de décès chez un patient positif pour le HCoV-HKU1 qui présentait de multiples facteurs de comorbidité associés.

Le HCoV-HKU1 est le plus fréquemment impliqué dans les infections respiratoires hautes mais peut être responsable de bronchiolite voire de pneumopathie lorsqu’il existe des facteurs de comorbidité associés. Cette étude souligne l’importance de la détection des infections à HCoV-HKU1 notamment dans les infections respiratoires aiguës de l’enfant et sa pertinence dans la pratique clinique et dans la surveillance de l’épidémiologie des infections respiratoires.