Un nombre croissant de receveurs potentiels d'une transplantation cardiaque sont porteurs d'une malformation cardiaque congénitale. Les anomalies anatomiques présentes chez ces receveurs sont variées : anomalies des retours veineux systémique et pulmonaire, anomalies des artères pulmonaires, anomalies de l'aorte et de la crosse aortique, anomalies de position ou de situs. Certaines de ces anomalies sont liées à la malformation initiale, d'autres sont secondaires aux interventions chirurgicales palliatives ou correctrices préalables. Ces anomalies anatomiques compliquent la transplantation cardiaque ; cependant, elles peuvent toutes être résolues par un prélèvement large du greffon et une technique de transplantation cardiaque adaptée à chaque cas. Une préparation minutieuse et une collaboration étroite entre les équipes de prélèvement et de transplantation sont nécessaires. Malgré ces difficultés techniques, les résultats précoces et tardifs de la transplantation cardiaque pour cardiopathie congénitale sont globalement superposables à ceux observés dans les autres indications de transplantation cardiaque.