La réaction du greffon contre l’hôte (GVHD), compliquant l’allogreffe de cellules souches hématopoïétiques, est la conséquence de l’alloréactivité des cellules immunocompétentes du donneur sur les tissus du receveur. La GVHD chronique (cGVHD) cutanée se présente sous 2 formes différentes sur le plan clinique et pronostique : non sclérotique (lichen plan) et sclérotique (morphée). Elle est traitée par des immunosuppresseurs dont l’indication se pose en fonction de la sévérité et non du sous-type clinique. Nous avons mené la 1^re étude transcriptomique par séquençage de l’ARN messager (mRNA-seq) à haut débit de cGVHD cutanée avec pour objectif de découvrir de nouvelles signatures transcriptomiques cutanées, communes et propres aux morphées et aux lichens plans de cGVHD, afin de trouver de nouvelles cibles thérapeutiques et d’adapter le traitement de ces 2 sous-types différents de cGVHD.

Trois groupes d’individus ont été comparés : 5 témoins sains, 5 morphées et 7 lichens plans de cGVHD. Les ARN ont été extraits avec le kit « RNeasy Plus Universal » et le « Tissue Lyser 2 » (Qiagen). Le séquençage orienté de l’ARNm a été réalisé sur la plateforme Illumina (séquenceur HiSeq4000) selon la méthode paired-end générant des « reads » de 2×101 paires de bases avec une profondeur de 50 millions. L’alignement des « reads » sur le génome de référence humain a été effectué par « STAR » et l’analyse d’expression différentielle de gènes par « DESeq2 » utilisant un t test pour comparer et de Benjamini-Hochberg pour déterminer le p ajusté. La sélection des gènes différentiellement exprimés (GDE) repose sur les critères p ajusté <0,05 et log2FoldChange≥1 ou ≤−1. L’analyse d’enrichissement d’ensembles de gènes a été faite avec GSEA (voie enrichie si score d’enrichissement normalisé ≥1,5 et False Discovery Rate <0,05).

Les ARN extraits étaient de bonne qualité (RNA Integrity Number >7,4). Ont été mis en évidence 1591 et 2058 GDEs respectivement dans la morphée et le lichen plan en comparaison à la peau saine. La comparaison lichen plan versus morphée a révélé peu de GDEs (n=165) (dont l’IL1α) témoignant de transcriptomes plus proches car il s’agit de 2 formes de la même maladie, mais de transcriptomes incontestablement différents. GSEA a identifié de nombreuses voies enrichies, certaines attendues comme la voie de l’IFN de type I dans les lichens et morphées par rapport aux témoins, ou la voie du TGFβ dans les morphées par rapport aux lichens, d’autres inattendues comme celle du complément dans les lichens. Ces voies sont potentiellement source de nouvelles cibles thérapeutiques, par exemple le TGFβ pourrait être la cible du frésolimumab dans les morphées de cGVHD.

Cette 1^re étude en mRNA-seq de cGVHD cutanée suggère qu’un traitement adapté à la forme de cGVHD est nécessaire, ce qui n’est actuellement pas le cas.