Les streptocoques béta-hémolytiques (SBH) représentent 30 à 40 % des bactéries responsables de dermohypodermites bactériennes nécrosantes – fasciites nécrosantes (DHBN-FN). Il s’agit principalement de Streptococcus pyogenes, SBH du groupe A (SGA) mais aussi de Streptococcus agalactiae, SBH du groupe B (SGB) et de Streptococcus dysgalactiae spp. equisimilis, SBH du groupe C ou G (SDSE). Dans 20 à 30 % des cas, les DHBN-FN sont monomicrobiennes à SBH. Etant donné la forte sensibilité des SBH aux antibiotiques (ATB) et la fréquente administration d’ATB préopératoires, les cultures des prélèvements per-opératoires (PPO) sont négatives dans 10 % à 20 % des cas. Les objectifs de cette étude étaient d’analyser la supériorité de la PCR ciblée pour SGA, SGB et SDSE versus la culture et d’étudier par métagénomique (MG) 16S le caractère mono ou polymicrobien des DHBN-FN positives à SBH en culture.

Il s’agissait d’une étude monocentrique rétrospective incluant tous les cas de DHBN-FN pris en charge dans notre filière de soins « Fasciites » entre janvier 2016 et juin 2018 dont les PPO avaient été conservés à −80°C (Comité d’Évaluation Éthique 2016/40NICB). Une culture sur milieux ordinaires, enrichis et sélectifs, une qPCR ciblant SGA, SGB et SDSE et une analyse MG 16S ont été réalisées sur chaque échantillon.

Au total, 94 patients hospitalisés pour DHBN-FN ont été inclus. Parmi ces patients, 31 (33 %) avaient un PPO positif à SBH en culture (20 à SGA, 7 à SGB et 4 à SDSE) et 39 (41 %) par PCR (27 SGA, 6 SGB et 6 SDSE) dont 30 concordants. Sur les 9 prélèvements positifs en PCR et négatifs en culture, 7 avaient une PCR positive à SGA et 2 à SDSE (Annexe A). En culture, 15 patients avaient une culture monomicrobienne à SBH (10 à SGA, 2 à SGB et 3 à SDSE) et 14 de ces 15 patients avaient un échantillon monomicrobien à Streptococcus sp. en MG. Pour le 15^e patient, la MG n’avait pas fonctionné.

Le taux de positivité pour la détection de SBH était plus élevé pour la PCR (41 %) que pour la culture (33 %) notamment pour le SGA. Toutes les DHBN-FN monomicrobiennes à SBH en culture l’étaient aussi en MG.

La PCR ciblée semble supérieure à la culture pour identifier les SBH. L’utilisation d’une double approche par culture (sensibilité) et PCR (exhaustivité) a permis d’obtenir plus souvent un diagnostic microbiologique. Le caractère monomicrobien des DHBN-FN à SBH a été confirmé par MG, ce qui permettrait à l’avenir de rétrocéder l‘ATB large spectre souvent utilisée. Etant donné la gravité des DHBN-FN et la nécessité d’une antibioprophylaxie pour les contacts d’un patient avec une infection invasive à SGA, une détection systématique des trois SBH les plus fréquents dans les DHBN-FN par PCR ciblée pourrait être proposée. Dans ce contexte, la MG n’apporte pas de données complémentaires.