Les laboratoires de microbiologie médicale jouent un rôle très important dans la détection des agents pathogènes impliqués dans les TIACs. Un certain nombre d’espèces bactériennes (Salmonella, Escherichia coli, Campylobacter, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Clostridium perfringens...) occupent toujours une place importante dans leur étiologie, mais le rôle des virus longtemps sous-estimé, notamment des Norovirus, apparaît très sousestimé. Le diagnostic microbiologique classique reposant sur la culture s’est vu complété voire remplacé par la biologie moléculaire directement appliquée au matériel biologique. Les nouveaux outils devraient permettre de diminuer la proportion de TIACs d’étiologie suspectée ou indéterminée et d’augmenter l’exhaustivité des déclarations.

Medical microbiology laboratories play a key role in the investigation of foodborne disease outbreaks. Bacterial pathogens (Salmonella, Escherichia coli, Campylobacter, Staphylococcus aureus, Bacillus cereus, Clostridium perfringens, etc.) have historically been implicated in foodborne illness, while the role of viruses (especially Norovirus) appears to have been underestimated.

Culture-based diagnosis has gradually been complemented, or replaced, by rapid molecular methods applied directly to biological samples. These new tools should help to reduce the number of outbreaks in which the etiological agent goes unidentified, and to improve the exhaustiveness of notifications.