Le microbiote intestinal est un écosystème extrêmement complexe, comportant environ 10¹⁴ micro-organismes recouvrant près de 400 espèces bactériennes. C'est un élément actif de la physiologie intestinale, avec des fonctions métaboliques, de flore de barrière et de stimulation du système immunitaire intestinal. La plupart des études de ce microbiote sont basées sur des techniques de culture, mais des techniques de biologie moléculaire permettent de compléter ces données. La formation de cet écosystème débute très rapidement après la naissance. Le nouveau-né, stérile à la naissance, se colonise avec une flore résultant du contact avec sa mère et son environnement. Si les facteurs d'implantation de la flore sont peu connus, de nombreux facteurs vont influencer l'établissement de ce microbiote : mode d'accouchement, environnement, mode d'alimentation, âge gestationnel et antibiothérapie. Des données récentes font état de modifications dans l'établissement de cette flore, avec un retard d'implantation des bactéries entériques d'origine maternelle, dues entre autres aux conditions d'hygiène strictes entourant les accouchements. Les conséquences cliniques de ces modifications sont mal connues mais pourraient être responsables d'une absence de flore de barrière ou d'une mauvaise stimulation du système immunitaire intestinal. La question de l'intérêt de la modulation de la flore du nouveau-né par l'ajout dans les formules infantiles de probiotiques, prébiotiques, bactéries non viables et leurs métabolites, ou nucléotides est posée et discutée.

The intestinal microbiota is a complex ecosystem harbouring about 10¹⁴ micro-organisms composed of nearly 400 hundred species. It plays various important functions in the gut, including metabolic, flora, barrier and stimulation of the intestinal immune system. Most studies have been based on culture, but more recent molecular biology techniques have provided complementary information. The formation of this ecosystem begins rapidly in the newborn; it is sterile at birth and is based on contact with the maternal flora and the surrounding environment. Although little is known about the factors leading to the development of bacteria, numerous external factors will affect the microbial succession: mode of delivery, environmental conditions, type of feeding, gestational age, and antibiotics. Recent data report a delay in intestinal colonization especially of enteric maternal bacteria. Which may be due to strict hygiene measures during birth. The clinical impact of these variations is not known but they could lead to lack of barrier flora or poor immune system stimulation in the gut. Modulation of gut microbiota in neonates with infant formulas containing either probiotics, prebiotics or non viable bacterias and their metabolites, or nucleotides is discussed.