Facteurs associés à la mortalité des bactériémies à Escherichia coli : recueil prospective de 545 épisodes intégrant données cliniques et séquençage complet des souches (étude SEPTICOLI) - 09/05/19
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Résumé |
Introduction |
Escherichia coli est le pathogène le plus fréquemment responsable bactériémies qui sont grevées d’une mortalité de 5 % à 30 %. Le poids relatif des facteurs de risque de décès reste discuté en particulier avec l’émergence mondiale de souches productrices de ß-lactamases à spectre étendu (BLSE). Afin de déterminer le poids des facteurs cliniques, microbiologiques et thérapeutiques dans la sévérité des bactériémies à E. coli, nous avons prospectivement inclus et analysé 545 épisodes consécutifs de BEC.
Matériels et méthodes |
Tous patients présentant une BEC dans 7 hôpitaux universitaires ont été inclus prospectivement d’octobre 2016 à juillet 2017. Des données cliniques approfondies et les traitements antibiotiques reçus ont été recueillis le jour du prélèvement de l’hémoculture (visite 1) et le jour de la sortie ou à J28 (visite 2). Tous les isolats de E. coli ont fait l’objet de tests phénotypiques et le séquencés par Illumina NextSeq. Pour chaque souche, le groupe phylogénétique, le complexe ST (STc), le sérotype, les gens de virulence (gènes VFDB, VirulenceFinder, ExPEC) et la résistance génotypique (Resfinder) ont été déterminés. Le critère d’évaluation principal était le décès à la visite 2.
Résultats 545 patients (âge moyen : 68,5 ans (16,5 ans) ; 52,5 % d’hommes) ont été inclus. Le score de Charlson moyen était de 5,6 (SD 3,1) ; 147/545 (27,0 %) des patients étaient immunodéprimés, 107/545 (19,6 %) et 70 (12,8 %) se sont présentés en sepsis et en choc septique, respectivement. Les principales portes d’entrées étaient urinaires (281/541 ; 51,9 %), digestive (114/541 (21,1 %), biliaire (103/545 ; 18,9 %) et pulmonaire (19/541 ; 3,5 %). 87/545 (16,0 %) des souches de E. coli étaient productrices de BLSE, principalement des CTXM-15, CTXM-27 et CTXM-14 (respectivement 51, 11 et 10 souches). La mortalité globale à visite 2 était de 52/545 (9,5 % IC95 % [7,0 : 12,0]). En analyse multivariée, une porte d’entrée pulmonaire (odd ratio ajusté -ORa 6,13, IC 95 % [2,1–17,95], p=0,0009), le STc88 (24 isolats–4,4 %) (ORa 3,65, IC 95 % [1,32–10,08], p=0,01), une infection nosocomiale ou liée soins de santé (ORa 2,05, IC 95 % [1,09–3,88], p=0,03) et un score de Charlson élevé (ORa 1,1, IC 95 % [1,0–1,3], p=0,005) étaient significativement associés au décès à la visite 2.
Conclusion |
Certains déterminants bactériens, les facteurs de l’hôte et la porte d’entrée sont associées à la mortalité des BEC. Le STc88/phylogroupe C apparaît particulièrement virulent. Malgré une prévalence élevée de BLSE, la résistance aux antibiotiques n’a pas eu d’impact sur la mortalité.
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Vol 49 - N° 4S
P. S40-S41 - juin 2019 Retour au numéro
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