Les diarrhées infectieuses, quel que soit leur étiologie ou mécanisme, sont un problème majeur de santé publique en zone tropicale, notamment chez l’enfant. Dans les présentations cliniques sévères de diarrhées aiguës ou persistantes (intrication avec malnutrition et avitaminoses), le diagnostic rapide de l’agent étiologique est d’importance pour une prise en charge précoce et adaptée. L’épidémiologie des gastroentérites et notablement différente en milieu tropical par rapport à la métropole. Notre objectif est d’évaluer dans ce contexte un kit moléculaire de nouvelle génération et de comparer les résultats à ceux des techniques classiques.

DiagCORE Gastrointestinal Panel (Qiagen) cible 24 entéropathogènes en moins de 2heures de manière complétement automatisée (14 bactéries, 6 virus, 4 parasites). Nous avons analysé 40 échantillons de selles de patients (75 % de moins de 5 ans) consultant en janvier 2019 dans notre centre hospitalier pour diarrhée aiguë ou persistante. Échantillon traité en parallèle selon les méthodes classiques (coproculture, test de diagnostic rapide, examen parasitologique après concentration). L’optimisation du kit a nécessité la dilution sytématique au 1/4 du milieu de transport contenant les selles pour éliminer les inhibiteurs.

Microbiologie conventionnelle : 12 entéropathogènes identifiés (30 %) ; 7 adénovirus (18 %), 4 Shigella (10 %), 1 Cryptosporidium spp ; Absence de coinfection. DiagCORE Gastrointestinal Panel : au moins un entéropathogène identifié dans 38 échantillons (95 %), un seul dans 13 % des cas (n=5), 2 dans 24 % (n=9), de 3 à 5 dans 63 % (n=24) ; Cycle Threshold (Ct)≤à 25 dans 50 % des cas ; identification de 108 bactéries, virus et parasites : 27 E. coli entéro-agrégatif, 18 E. coli entéropathogène, 14 E. coli entéroinvasif/Shigella, 6 E. coli enterotoxinogène, 7 Campylobacter spp, 1C. difficile, 18 adénovirus F40/41, 3 astrovirus, 1 norovirus GI, 1 rotavirus A, 1 sapovirus, 8 Giardia lamblia, 3 Cryptosporidium spp.

La suprématie du diagnostic moléculaire dans les gastroentérites n’est plus à démontrer. Le panel pertinent DiagCORE Gastrointestinal permet un criblage rapide des entéropathogènes potentiels et le traitement adapté au germe responsable de la gastroentérite. Toute approche moléculaire nécessite d’interpréter les résultats sur la base des Ct, en perspective des données biocliniques. Il en est de même lors de la détection de plusieurs agents pathogènes dans un échantillon. Le coût peut être pondéré par l’évolution des indications des coprocultures et des examens parasitologiques des selles des patients hospitalisés dans notre hôpital.