If we are to make advances in the design of information systems for the processing of functional genomic data, we must carefully examine the concepts of gene and function. Therefore, we must consider the biological models that are used to acquire these data from an epistemological point of view. This article introduces three elements of this view: (i) we reviewed the major concepts and the axioms of the systemic paradigm; (ii) we considered their relevance for the modelling of the biological functions within the framework of an intracellular signalling process; (iii) we present an operational input founded on this methodological viewpoint to illustrate the coherence of a theoretical framework and the use of its formalism for the description and the representation of biological activities. This formalism will guide the modelling and the interpretation of molecular interactions in terms of organisational operations producing and transforming the genetic information; thus, providing a better understanding of the complex relationship between the generation, the circulation and the computation of information when biological systems are set up.

Une avancée dans le domaine de la conception des systèmes d'information pour l'exploitation des données de génomique fonctionnelle nécessite une discussion attentive des concepts de gène et de fonction, et donc une réflexion épistémologique sur les modèles biologiques à l'aide desquels sont établis ces systèmes d'information. Dans cet article, nous avons introduit les éléments de cette réflexion suivant trois axes : (i) un axe conceptuel considère les concepts majeurs et les axiomes du paradigme systémique ; (ii) leur pertinence pour la modélisation des fonctions biologiques est examinée dans le cadre d'un processus de signalisation intracellulaire ; (iii) une entrée opératoire, fondée sur cette réflexion méthodologique, illustre la cohérence apportée par un cadre théorique argumenté et l'utilisation de son formalisme pour la description et la représentation des activités biologiques. Ce formalisme conduit à interpréter le traitement des processus moléculaires en termes d'opérations organisationnelles produisant et transformant l'information génétique et à approfondir l'intelligibilité de la génération, de la circulation et du calcul de l'information dans la mise en place des organisations biologiques.