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Flanking sequence tags in Arabidopsis thaliana T-DNA insertion lines: a pilot study - 23/03/08

Dominique Ortega a, Monique Raynal a, Michèle Laudié a, Christel Llauro a, Richard Cooke a, Martine Devic a, Simone Genestier c, Georges Picard c, Pierre Abad d, Pascale Contard e, Catherine Sarrobert e, Laurent Nussaume e, Nicole Bechtold b, Christine Horlow b, Georges Pelletier b, Michel Delseny a,
a Laboratoire « Génome et développement des plantes », UMR 5096, CNRS-IRD-université de Perpignan, 52, av. de Villeneuve, 66860 Perpignan cedex, France 
b Station de génétique et amélioration des plantes, INRA, route de Saint-Cyr, 78026 Versailles, France 
c Laboratoire « Génétique des eucaryotes-endocrinologie moléculaire », UMR 6547 BIOMOVE, CNRS-université Blaise-Pascal (Clermont-Ferrand-2), 24, av. des Landais, 63177 Aubière cedex, France 
d Santé végétale et environnement, UR 1064, INRA, Centre de Recherches d'Antibes, BP 2078, 06606 Antibes cedex, France 
e Laboratoire du métabolisme carboné, CEA DEVM, bât. 177, 13108 Saint-Paul-lez-Durance cedex, France 

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Abstract

Eight hundred and fifty Arabidopsis thaliana T-DNA insertion lines have been selected on a phenotypic basis. The T-DNA flanking sequences (FST) have been isolated using a PCR amplification procedure and sequenced. Seven hundred plant DNA sequences have been obtained revealing a T-DNA insertion in, or in the immediate vicinity of 482 annotated genes. Limited deletions of plant DNA have been observed at the site of insertion of T-DNA as well as in its left (LB) and right (RB) T-DNA signal sequences. The distribution of the T-DNA insertions along the chromosomes shows that they are essentially absent from the centrometric and pericentrometric regions.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Résumé

Huit cent cinquante lignées d'insertion ADN-T d'Arabidopsis thaliana ont été sélectionnées sur la base d'un phénotype. Les séquences flanquant l'insertion d'ADN-T (FST) ont été isolées par une technique d'amplification PCR et déterminées. Sept cents séquences d'ADN de plantes ont ainsi été obtenues, révélant la présence d'une insertion dans (ou à proximité immédiate de) 482 gènes annotés. Des délétions limitées ont été observées dans l'ADN génomique au voisinage du site d'insertion, ainsi que dans les bordures droites et gauches de l'ADN-T. La distribution des insertions le long des chromosomes révèle une quasi-absence d'insertion dans les régions centrométriques et péri-centrométriques.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : Arabidopsis thaliana, insertion mutants, T-DNA, PCR, flanking sequences

Mots-clé : Arabidopsis thaliana, mutants d'insertion, ADN-T, PCR, séquences flanquantes


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Vol 325 - N° 7

P. 773-780 - juillet 2002 Retour au numéro
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