Étude des topologically associated domains (TADs) en diagnostic : retour d’expérience du CHU de Bordeaux - 03/10/18
, Angèle Tingaud-Sequeira b, Perrine Pennamen a, b, Gwenaelle Andre c, Julie Bouron a, Patricia Fergelot a, Didier Lacombe a, b, Benoit Arveiler a, b, Caroline Rooryck-Thambo a, bRésumé |
Introduction/Objectifs |
L’étude de l’architecture tridimensionnelle de la chromatine par la technologie de Hi-C, dérivée de la Chromosome Conformation Capture (3C), a mis en lumière l’existence de domaines chromatiniens dénommés topologically associated domains (TADs) [1].
L’altération de l’organisation des TADs, et les interactions ectopiques entre séquences régulatrices et gènes en résultant peuvent être à l’origine de différentes anomalies du développement [2].
Matériels/Patients et méthodes |
La technique d’Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA), utilisée en routine dans le diagnostic des anomalies du développement, se heurte à des difficultés d’interprétation. Cependant, l’effet des variations du nombre de copies (CNV) détectées par ACPA sur les TADs n’est que récemment pris en compte dans cette interprétation.
Durant cette étude, nous avons ré-analysé 735 CNVs détectés par ACPA et initialement considérés comme probablement bénins ou de signification inconnue, afin de déterminer si ceux-ci peuvent altérer l’organisation des TADs.
Résultats |
Cette étude nous a permis de mettre en évidence une possible altération de TAD chez 7 patients. Un de ces cas concerne notamment un fœtus présentant une association malformative complexe, et porteur d’une délétion au locus du gène IHH. Le modèle de l’architecture chromatinienne à ce locus [3] permet de prédire une interaction ectopique entre IHH et les enhancers situés dans le TAD du gène EPHA4, induite par cette délétion.
Le rendement de la ré-analyse de notre cohorte (7/735) met en lumière le fait que la perturbation de TADs par un CNV est probablement un mécanisme physiopathologique rare.
Conclusions |
L’étude des TADs dans le cadre du diagnostic apparaît donc aujourd’hui comme possible, notamment pour les locus dont l’architecture est désormais caractérisée. Cependant, notre expérience montre que celle-ci est complexe, et nécessiterait une confirmation par des techniques in vitro telles que celles dérivées de la 3C.
Le texte complet de cet article est disponible en PDF.Mots clés : ACPA, Architecture chromatinienne, Topologically associated domain, IHH
Plan
Vol 102 - N° 338
P. 141 - septembre 2018 Retour au numéro
Article précédent
- « Test ADNlc T21 » ou test génétique non invasif de dépistage de la trisomie 21 fœtale : à propos d’un consortium d’utilisateurs
- Laetitia Gouas, Patrick Callier, Nora Chelloug, Henri Copin, Cédric Le Caignec, Martine Doco-Fenzy, Paul Kuentz, Bertrand Macé, Vincent Gatinois, François Vialard, Valentine Marquet, Philippe Vago
- À propos d’un mécanisme rare d’aniridie, la délétion d’un élément régulateur du gène PAX6 identifiée par CGH-array
- Kévin Cassinari, Géraldine Joly-Hélas, Laetitia Trestard, Brigitte Leduc, Bertrand Macé, Thierry Frébourg, Pascal Chambon
Bienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
L’accès au texte intégral de cet article nécessite un abonnement.
Déjà abonné à cette revue ?