Les mycobactéries atypiques (MA) ou mycobactéries non tuberculeuses sont des germes ubiquitaires. Habituellement non pathogènes pour l'homme, ils peuvent le devenir à la faveur d'une inoculation directe ou d'une immunité déficiente (situations telles qu'un diabète, une infection par le virus de l'immunodéficience humaine, un traitement immunosuppresseur comme les corticoïdes ou les anti-tumor necrosis factor, ou de façon générale un terrain affaibli). La large majorité des infections par MA est pulmonaire, plus rarement il peut s'agir de l'appareil locomoteur sous forme d'arthrites, de ténosynovites ou de bursites septiques, d'ostéomyélites, de spondylodiscites, d'infection de matériel orthopédique. Ces infections ont en commun une présentation clinique progressive, peu douloureuse, généralement apyrétique, des signes biologiques d'infection inconstants et souvent modérés, entraînant de ce fait un retard diagnostique habituel, souvent de plusieurs mois, voire années. L'atteinte est volontiers destructrice avec une propension aux abcès. La présence de granulomes gigantocellulaires sans nécrose caséeuse est évocatrice. Un diagnostic bactériologique précis est la condition indispensable au diagnostic et surtout à une thérapeutique efficace. Ce diagnostic bactériologique est délicat et nécessite un laboratoire aguerri et des techniques de culture et de biologie moléculaire spécifiques. Malheureusement, cela n'est souvent réalisé qu'après échec d'une première prise en charge avec des prélèvements standards et une antibiothérapie probabiliste qui va réduire les chances d'isoler le germe. Le traitement n'est pas codifié, et va être adapté à chaque situation. Le principe général est de combiner une chirurgie d'excision et une antibiothérapie. Le traitement antibiotique doit impérativement comporter plusieurs molécules adaptées à l'antibiogramme (la variabilité de la sensibilité de chaque espèce et les nombreuses résistances rendent illusoire, voire nuisible un traitement probabiliste) et être prolongé (en règle au moins 6 à 12 mois, voire plus, d'autant plus que l'infection est sévère, le terrain immunodéprimé et qu'il n'y a pas eu de chirurgie associée). Il est important de connaître ces caractéristiques pour déclencher une prise en charge appropriée qui repose sur l'étroite collaboration entre le rhumatologue ou l'interniste, l'orthopédiste, l'infectiologue et le laboratoire de bactériologie.