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Reverse line probe assay for cheap detection of Single Nucleotide Polymorphisms in Mycobacterium tuberculosis - 18/05/18

Doi : 10.1016/j.tube.2018.03.007 
Memona Yasmin a, b, Guislaine Refregier c, Rubina Tabassum Siddiqui a, d, , Rizwan Iqbal e, Shahid Ahmad Abbasi f, Sabira Tahseen g
a Health Biotechnology Division, National Institute for Biotechnology and Genetic Engineering (NIBGE), P.O.Box No. 577, Jhang Road, Faisalabad, Pakistan 
b Pakistan Institute of Engineering and Applied Sciences (PIEAS), Nilore, Islamabad, Pakistan 
c Institut de Génétique et Microbiologie, UMR8621, CNRS – Univ. Paris-Sud, Universud, Campus d’Orsay, F-91405 Orsay-Cedex, France 
d Punjab Institute of Nuclear Medicine (PINUM), Faisalabad, Pakistan 
e Pakistan Medical Research Council, Lahore, Pakistan 
f Armed Forces Institute of Pathology, Rawalpindi, Pakistan 
g National TB Reference Laboratory, Islamabad, Pakistan 

Corresponding author. Punjab Institute of Nuclear Medicine (PINUM), Faisalabad, Pakistan.Punjab Institute of Nuclear Medicine (PINUM)FaisalabadPakistan

Abstract

More and more Single Nucleotide Polymosrphisms of interest among pathogenic organisms are described with the advent of Whole Genome Sequencing but WGS approach is still too expensive, time consuming, and relying on bioinformatical means that are not available in many developing countries. This study presents a low-cost reverse hybridization line probe technique for detecting SNPs in Mycobacterium tuberculosis. The proposed test is able to detect mutations in the RRDR of rpoB gene in M. tuberculosis with specificity and sensitivity of 98% and 100%, respectively and for an average cost of less than €3 per sample. The technique proved efficient not only on pure DNA samples extracted from culture isolates but also on crude extracts from clinical samples. The flexibility of the platform allows to get it transformed to any kind of test detection, hence, building a bridge between rich countries performing SNP discovery and countries with high burden that can target these SNPs on the collected samples.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Keywords : SNPs detection, MDR-TB, Molecular detection of RIF resistance, Line probe assay, Global health


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Vol 110

P. 52-55 - mai 2018 Retour au numéro
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  • Normalised quantitative polymerase chain reaction for diagnosis of tuberculosis-associated uveitis
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