La maladie de Crohn se complique fréquemment d'une atteinte anorectale, périnéale et parfois vaginale, dont l'incidence est diversement appréciée dans la littérature. Sa présence constitue toujours une complication grave, car le retentissement sur la qualité de vie est important. À côté des lésions inflammatoires diffuses et des lésions primaires telles qu'ulcérations, fissures et pseudomarisques, de traitement essentiellement médical, il faut identifier les complications secondaires, de traitement mixte, médicochirurgical. Le chirurgien intervient en urgence pour évacuer un abcès et le plus souvent installer un drainage en séton, lorsqu'une fistulotomie ferait porter un risque trop important d'incontinence par section du sphincter. Il peut également intervenir devant des complications chroniques. Une fistule anorectale sur maladie de Crohn peut être traitée par drainage en séton prolongé lorsque le trajet est haut situé, ou par fistulotomie lorsque le trajet est transsphinctérien bas ou sous-cutané. Les récidives nécessitent souvent un avis spécialisé, car il faut poser l'indication de la meilleure technique selon divers critères comme le degré d'inflammation, le degré de sténose, le siège des orifices, le trajet de la fistule, la qualité du sphincter, le nombre de fistules et l'association ou non d'une sténose, courte ou longue. Plusieurs méthodes chirurgicales sont disponibles pour traiter une fistule : lambeau d'abaissement rectal, injection de colle biologique, insertion de plug ou de collagène, ligature intersphinctérienne du trajet fistuleux, réalisation d'un lambeau de Martius ou d'une graciloplastie ; l'injection de cellules mésenchymateuses autologues et l'utilisation de clips métalliques sont des méthodes encore trop récentes pour être utilisées en routine. Une sténose rectale ou anale nécessite des dilatations répétées, puis, en cas de récidive, une plastie dont l'indication est là encore affaire de spécialiste. Dans certains cas de maladie de Crohn évoluée, il faut savoir proposer au patient une stomie temporaire, voire lorsque les lésions sont jugées irréversibles, une amputation abdominopérinéale. Le caractère chronique et invalidant de l'affection ainsi que la multiplicité des traitements chirurgicaux proposés pour une même lésion doivent faire intervenir le patient dans la prise en charge, de toute façon médicochirurgicale. Une stomie associée à la poursuite du traitement par immunosuppresseur et anti-TNF alpha permet parfois d'obtenir une meilleure qualité de vie que celle obtenue par de multiples gestes répétés sous anesthésie générale.