S'abonner

A decade of research on the 17q12-21 asthma locus: Piecing together the puzzle - 31/01/18

Doi : 10.1016/j.jaci.2017.12.974 
Michelle M. Stein, PhD a, , Emma E. Thompson, PhD a, , Nathan Schoettler, MD, PhD a, b, , Britney A. Helling, PhD a, Kevin M. Magnaye, BS a, Catherine Stanhope, MS a, Catherine Igartua, PhD a, Andréanne Morin, PhD a, Charles Washington, BA a, Dan Nicolae, PhD a, c, Klaus Bønnelykke, PhD d, Carole Ober, PhD a,
a Department of Human Genetics, University of Chicago, Chicago, Ill 
b Section of Pulmonary and Critical Care Medicine, Department of Medicine, University of Chicago, Chicago, Ill 
c Department of Statistics and Section of Genetic Medicine, Department of Medicine, University of Chicago, Chicago, Ill 
d COPSAC, Herlev and Gentofte Hospital, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark 

Corresponding author: Carole Ober, PhD, Department of Human Genetics, 920 E 58th St, University of Chicago, Chicago, IL 60637.Department of Human Genetics920 E 58th StUniversity of ChicagoChicagoIL60637
Sous presse. Épreuves corrigées par l'auteur. Disponible en ligne depuis le Wednesday 31 January 2018
Cet article a été publié dans un numéro de la revue, cliquez ici pour y accéder

Abstract

Chromosome 17q12-21 remains the most highly replicated and significant asthma locus. Genotypes in the core region defined by the first genome-wide association study correlate with expression of 2 genes, ORM1-like 3 (ORMDL3) and gasdermin B (GSDMB), making these prime candidate asthma genes, although recent studies have implicated gasdermin A (GSDMA) distal to and post-GPI attachment to proteins 3 (PGAP3) proximal to the core region as independent loci. We review 10 years of studies on the 17q12-21 locus and suggest that genotype-specific risks for asthma at the proximal and distal loci are not specific to early-onset asthma and mediated by PGAP3, ORMDL3, and/or GSDMA expression. We propose that the weak and inconsistent associations of 17q single nucleotide polymorphisms with asthma in African Americans is due to the high frequency of some 17q alleles, the breakdown of linkage disequilibrium on African-derived chromosomes, and possibly different early-life asthma endotypes in these children. Finally, the inconsistent association between asthma and gene expression levels in blood or lung cells from older children and adults suggests that genotype effects may mediate asthma risk or protection during critical developmental windows and/or in response to relevant exposures in early life. Thus studies of young children and ethnically diverse populations are required to fully understand the relationship between genotype and asthma phenotype and the gene regulatory architecture at this locus.

Le texte complet de cet article est disponible en PDF.

Key words : Wheezing, genome-wide association study, immune cells, lung cells, ORMDL3, GSDMB, PGAP3, GSDMA, gene expression

Abbreviations used : ASMC, BEC, CEU, COPSAC, CTCF, eQTL, ERBB2, ETS, GPI, GSDMA, GSDMB, GWAS, IKZF3, LCL, LD, OR, ORMDL3, PBL, PCA, PGAP3, SNP, TRM, YRI, ZPBP2


Plan


 Supported by grants R01 HL085197, P01 HL070831, R01 HL129735, U19 AI095230, R01 HL122712, and R01 HL113395. K.M.M. and C.W. are supported by grant T32 GM007197, and M.M.S., N.S., and B.A.H. are supported by grant T32 HL007605.
 Disclosure of potential conflict of interest: K. Bønnelykke has received grants from the Lundbeck Foundation, Novo Nordisk Foundation, the Danish Ministry of Health, the Danish Strategic Research Foundation, and the National Institutes of Health (grant no. NHLBI R01 HL129735). The rest of the authors declare that they have no relevant conflicts of interest.


© 2018  The Authors. Publié par Elsevier Masson SAS. Tous droits réservés.
Ajouter à ma bibliothèque Retirer de ma bibliothèque Imprimer
Export

    Export citations

  • Fichier

  • Contenu

Bienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
L’accès au texte intégral de cet article nécessite un abonnement.

Déjà abonné à cette revue ?

Mon compte


Plateformes Elsevier Masson

Déclaration CNIL

EM-CONSULTE.COM est déclaré à la CNIL, déclaration n° 1286925.

En application de la loi nº78-17 du 6 janvier 1978 relative à l'informatique, aux fichiers et aux libertés, vous disposez des droits d'opposition (art.26 de la loi), d'accès (art.34 à 38 de la loi), et de rectification (art.36 de la loi) des données vous concernant. Ainsi, vous pouvez exiger que soient rectifiées, complétées, clarifiées, mises à jour ou effacées les informations vous concernant qui sont inexactes, incomplètes, équivoques, périmées ou dont la collecte ou l'utilisation ou la conservation est interdite.
Les informations personnelles concernant les visiteurs de notre site, y compris leur identité, sont confidentielles.
Le responsable du site s'engage sur l'honneur à respecter les conditions légales de confidentialité applicables en France et à ne pas divulguer ces informations à des tiers.


Tout le contenu de ce site: Copyright © 2024 Elsevier, ses concédants de licence et ses contributeurs. Tout les droits sont réservés, y compris ceux relatifs à l'exploration de textes et de données, a la formation en IA et aux technologies similaires. Pour tout contenu en libre accès, les conditions de licence Creative Commons s'appliquent.