Le microbiote intestinal humain est composé d’environ 100 000 milliards de microorganismes, avec un nombre total moyen d’espèces bactériennes commensales différentes estimé à plus de 500 par individu. Le microbiote intestinal humain peut être considéré comme un organe au sein d’un organe ayant co-évolué avec son hôte pour parvenir à une relation symbiotique menant à l’homéostasie physiologique. L’hôte fournit un environnement riche en nutriments et le microbiote offre quant à lui des fonctions indispensables. Une dysbiose du microbiote intestinal (modifications dans la composition bactérienne) a été associée à des dysfonctionnements de l’appareil digestif, tels que les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin ou le syndrome du côlon irritable, mais également plus à distance dans l’obésité et les maladies métaboliques. Cependant, une meilleure connaissance de l’écosystème intestinal humain reste nécessaire pour comprendre le rôle exact du microbiote dans la santé et le développement de pathologies. La plupart des bactéries intestinales étant anaérobies et donc non cultivables à l’heure actuelle pour une grande majorité, leurs fonctions ne peuvent pas être déduites de données sur la composition. Aujourd’hui, par l’intermédiaire de l’approche métagénomique, le contenu génomique bactérien d’un écosystème et les fonctions associées peuvent être directement accessibles à partir de l’environnement, sans étape de culture.

The human intestinal microbiota is composed of approximately 100,000 billion microorganisms with the average total number of different commensal bacterial species estimated at over 500 per individual. The human intestinal microbiota can be considered as an organ within another, which co-evolved with its host to achieve a symbiotic relationship leading to physiological homeostasis. The host provides an environment enriched in nutrients and the microbiota provides essential functions. Dysbiosis of the intestinal microbiota (changes in bacterial composition) has been associated with local dysfunctions of the gastrointestinal tract, such as inflammatory bowel disease or irritable bowel syndrome but also with obesity and metabolic diseases. However, a better understanding of the human intestinal ecosystem is still needed to understand the exact role of the microbiota in health and disease. Most intestinal bacteria are anaerobic and therefore, for the large majority, impossible to culture at present. Consequently, their function cannot be inferred from data on their composition. Today, with the help of a metagenomic approach, the bacterial genomic content of an ecosystem and the associated functions can be directly accessed from the environment without culture.