Les indications non discutables du régime sans gluten sont les allergies au gluten, réaction d'hypersensibilité immédiate pouvant mettre en jeu le pronostic vital en cas d'exposition à l'allergène et la maladie cœliaque, entéropathie auto-immune secondaire à l'ingestion du gluten. À côté de ces entités bien définies sur les plans clinique et physiopathogénique, s'est développé plus récemment le concept d'« hypersensibilité au gluten » définie par des troubles digestifs fonctionnels régressant avec l'exclusion du gluten. Il n'existe à ce jour aucun rationnel scientifique clair pour expliquer l'efficacité du régime sans gluten. Les effets des fermentable oligosaccharides, disaccharides, monosaccharides and polyols (FODMAP) présents dans le blé et favorisant troubles du transit, ballonnements et douleurs abdominales pourraient constituer un facteur confondant. De plus, d'autres protéines du blé comme les inhibiteurs de l'amylase/trypsine (ATI) peuvent favoriser l'inflammation intestinale. À la place du régime sans gluten, on peut donc discuter, chez les patients « hypersensibles » au gluten, un régime moins contraignant allégé en FODMAP, ou évitant le blé en fonction de la symptomatologie qui reste à être appréhendée par les cliniciens.