Le MALDI-TOF est maintenant utilisé en routine dans une majorité de laboratoires pour l’identification des bactéries et des levures. La place du MALDI-TOF pour l’identification des filamenteux en routine est moins bien définie.

Évaluer la capacité du MALDI-TOF a identifié les filamenteux en routine en utilisant la database « Fungi » BRUCKER, spécifiquement dédiée à l’identification des filamenteux.

Une série de 46 souches de filamenteux, initialement identifiés par microscopie, a été testée par MALDI-TOF après culture liquide et extraction longue, comme cela est recommandé par le fournisseur.

Résultats (1) Vingt-deux de dermatophytes ont été testées : 9 Trichophyton rubrum, 6 T. mentagrophytes, 3 T. tonsurans, 1 T. soudanense, 1 Epidermophyton floccosum, 1 Microsporum persicolor et 1 M. gypseum. Seules les souches de T. rubrum et la souche de M. gypseum ont été identifiées avec succès. Pour E. floccosum, le commentaire « pas d’identification possible » a été obtenu. Pour T. tonsurans, T. mentagrophytes et M. persicolor, un résultat d’espèce erroné, essentiellement T. equinum et M. canis, avec un très bon score (>2) a été obtenu.

(2) Vingt-quatre souches de filamenteux non dermatophytes ont été testées : 7 Mucorales (2 Lichtheimia corymbifera, 2 Mucor sp., 1 Rhizopus oryzae, 1 Rhizomucor sp., 1 Cunninghamella bertholettiae), 6 Aspergillus sp. (2 A. flavus, 1 A. nidulans, 1 A. terreus, 1 A. ochraceus, 1 A. glaucus, 1 A. versicolor), 7 Fusarium sp. (4 F. solani, 2 F. proliferatum, 1 F. oxysporum), 1 Scytalidium dimidiatum, 1 Scopulariopsis brevicaulis, 1 Scedosporium apiopsermum. Les Fusarium sp. ont été identifiés à l’espèce dans tous les cas. Les Mucorales ont été identifiées au genre dans tous les cas, et à l’espèce dans un cas sur deux. Les Aspergillus sp. ont été identifiés à l’espèce à l’exception de A. glaucus (qui n’est pas dans la database). La souche de S. brevicaulis a été bien identifiée. Le commentaire « aucune identification possible » a été obtenu pour les S. dimidiatum et S. apiospermum, pourtant présents dans la database. Aucun résultat d’espèce erroné n’a été obtenu pour les filamenteux non dermatophytes.

Discussion Le MALDI-TOF peut rendre service en routine au laboratoire, essentiellement pour l’identification a l’espèce rapide des Fusarium sp., des Mucorales et de certains Aspergillus sp. La plus grande prudence doit être appliquée en cas d’identification de dermatophytes par MALDI-TOF, ou la microscopie, et le séquençage si besoin, doivent être privilégies. De meilleurs résultats pourraient être obtenus par enrichissement de cette database par l’ajout de spectres de références pour des espèces pour l’instant peu voire pas représentées par le fournisseur.