Diversité génotypique de Pneumocystis jirovecii à la Réunion - 16/09/17
, Gautier Hoarau 3, Michèle Virmaux 1, Laurence Pougnet 1, Patrice Poubeau 4, Sandrine Picot 3, Gilles Nevez 1, 2, 5Résumé |
Les données concernant la diversité génotypique de Pneumocystis jirovecii (P. jirovecii) en France ont principalement été obtenues à partir d’isolats issus de patients vivant en Métropole. Aucune donnée n’est disponible à notre connaissance sur les caractéristiques génotypiques de P. jirovecii sur l’île de la Réunion. L’objectif de ce travail est d’apporter des données originales sur la diversité du champignon dans ce département ultramarin.
Nous avons réalisé de façon rétrospective une analyse de plusieurs loci à partir d’isolats de P. jirovecii provenant de 9 patients immunodéprimés suivis à l’hôpital Saint-Pierre du CHU de la Réunion. Les loci codant pour l’ARN de la grande sous-unité du ribosome de la mitochondrie (mtLSU rRNA), le cytochrome b (CYB) et la superoxyde dismutase (SOD) ont été amplifiés puis séquencés. Les séquences obtenues ont été alignées et comparées aux séquences de référence. Ces données génotypiques ont ensuite été comparées à celles obtenues à partir des isolats de P. jirovecii de 10 patients suivis au CHRU de Brest.
Les allèles mtLSU rRNA 1, 2, 3 et 4 et les allèles CYB1, CYB5 et CYB8 ont été identifiés dans les 2 populations de patients. En revanche, les allèles CYB2, CYB7 et 2 nouveaux allèles CYB ont été identifiés uniquement chez les patients réunionnais. Les allèles CYB3 et CYB6 ont été identifiés uniquement chez les patients brestois. Les allèles SOD1 et SOD2 ont été identifiés dans les 2 populations de patients. En revanche l’allèle SOD5 a été identifié uniquement dans la population réunionnaise.
En conclusion, nous apportons les premières données génotypiques de P. jirovecii à la Réunion. Nous avons observé :
– une grande diversité des génotypes de P. jirovecii dans ce département ultramarin ;
– une communauté partielle des génotypes unilocus identifies à la Réunion et en France métropolitaine.
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Vol 27 - N° 3
P. e24-e25 - septembre 2017 Retour au numéro
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