À l’heure de l’optimisation maximale des flux de travail, et des exigences de traçabilité et de performances analytiques requises pour l’accréditation, l’automatisation et l’informatisation des modes opératoires d’un laboratoire sont inéluctables. L’automatisation de l’ensemencement et de la culture des prélèvements pour mise en évidence de bactéries ou de champignons représentent un défi technologique, du fait de la diversité des prélèvements et de la multitude des protocoles. Aujourd’hui plusieurs industriels ont relevé ce défi, et beaucoup de laboratoires, aussi bien publics que privés, envisagent cette solution pour une partie, ou l’ensemble des prélèvements reçus.

Le CHU de Grenoble est entré dans cette démarche en juin 2012 via un appel d’offre de type « dialogue compétitif », au décours duquel a été acquise une chaîne automatisée comportant différents modules permettant l’ensemencement des échantillons, la gestion de l’incubation des cultures et leur lecture sur images digitalisées. Le secteur de mycologie du service de parasitologie-mycologie de Grenoble a fait le choix de l’innovation en souhaitant intégrer ce projet d’envergure dès son commencement. Une collaboration étroite et efficace a été mise en place avec l’ensemble des protagonistes impliqués dans le projet (personnels de bactériologie, administratifs, informaticiens, ingénieurs, techniciens, cadres) via différents groupes de travail : organisationnel, informatique, pré-analytique, etc. Certaines procédures de prélèvements ont dû être harmonisées, des solutions informatiques communes ont été validées et un poste de travail d’ensemencement mutualisé a été déployé. Les modifications proposées permettent à notre secteur de mycologie de garder sa spécificité et son expertise, tout en intégrant un flux de travail imposé par la cadence des prélèvements de bactériologie. Aujourd’hui, 8 mois après l’installation effective de cette chaîne, la qualification progressive des prélèvements permet de passer 60 % de notre activité quotidienne en mode « full-automatique ». Les prélèvements les plus complexes seront gérés sur le module semi-automatique. L’objectif final est l’intégration de la quasi-totalité de nos prélèvements de mycologie sur la chaîne d’ici juin 2017. Enfin, la connexion complémentaire des flux d’identification du MALDI-TOF et des lecteurs d’antibio/fongigrammes permet une informatisation quasi-totale du processus analytique et une traçabilité optimale de nos résultats.

En conclusion, l’intégration d’une chaîne d’ensemencement, d’incubation et de lecture est un travail important et de longue haleine. Pour bénéficier des avancées majeures amenées par l’automatisation, une collaboration efficace et complaisante entre tous les protagonistes impliqués, et en particulier avec le personnel de bactériologie, est indispensable pour intégrer nos spécificités et maintenir notre expertise en mycologie médicale.