Thanks to the significant advent of high throughput sequencing in the last ten years, it is now possible via metagenomics to define the spectrum of the microbial sequences present in human blood samples. Therefore, metagenomics sequencing appears as a promising approach for the identification and global surveillance of new, emerging and/or unexpected viruses that could impair blood transfusion safety. However, despite considerable advantages compared to the traditional methods of pathogen identification, this non-targeted approach presents several drawbacks including a lack of sensitivity and sequence contaminant issues. With further improvements, especially to increase sensitivity, metagenomics sequencing should become in a near future an additional diagnostic tool in infectious disease field and especially in blood transfusion safety.

Grâce aux avancées technologiques dans le domaine du séquençage haut débit ces dix dernières années, il est maintenant possible via la métagénomique d’établir le microbiome d’un prélèvement clinique tel que le sang. Ainsi, la métagénomique par séquençage direct apparaît comme une approche prometteuse pour l’identification et la surveillance d’agents viraux nouveaux, émergents et/ou inattendus qui pourraient impacter la sécurité transfusionnelle. Cependant, bien que cette approche sans a priori présente de considérables avantages comparés aux techniques traditionnelles d’identification des pathogènes, la métagénomique présente également plusieurs inconvénients et limitations techniques tels qu’un manque de sensibilité et la présence de nombreuses contaminants provenant notamment des réactifs. Malgré ces inconvénients qui demandent des améliorations majeures, nul doute que la métagénomique devienne dans un futur proche un outil diagnostique supplémentaire dans le domaine des maladies infectieuses, et en particulier en sécurité transfusionnelle.