La colonisation bactérienne chronique du grêle (CBCG) est définie par la présence dans l'intestin grêle proximal d'une population bactérienne quantitativement supérieure à 10⁵ bactéries/ml et qualitativement anormale. Il existe un grand amalgame diagnostique dans les études publiées entre la CBCG « asymptomatique », sans conséquence clinique ou biologique, et la CBCG « symptomatique » responsable d'une diarrhée chronique et/ou d'un syndrome de malabsorption. La stase intestinale, quelle qu'en soit l'origine, est le principal facteur favorisant la survenue d'une CBCG, généralement observée lors des montages chirurgicaux avec anses borgnes, en cas de sténoses ou de diverticules du grêle ou de pseudo-obstruction intestinale chronique primitive ou secondaire. Si CBCG et syndrome de l'intestin irritable semblent pouvoir être reliés, leur lien de causalité est imprécis. L'examen de référence du diagnostic de CBCG reste le tubage bactériologique du grêle, examen fastidieux et coûteux, source de biais de recueil bactériologique et exceptionnellement réalisé au profit des tests respiratoires à l'hydrogène après ingestion de glucose ou de lactulose. Cet examen est simple, non invasif et peu coûteux, mais de sensibilité et de spécificité très variables, respectivement entre 60-90 % et 70-90 %. Les progrès diagnostiques sont attendus via les techniques de biologie moléculaire utilisées pour l'étude du microbiote. L'élimination de la cause de CBCG étant rarement possible, le traitement repose sur l'administration d'antibiotiques à large spectre (aminopénicillines, céphalosporines et cyclines), les antibiotiques dirigés sélectivement contre les bactéries aérobies ou par les bactéries ayant une action purement intraluminale comme la rifaximine. Le support nutritionnel reste d'actualité.