Le tractus digestif constitue le plus important organe endocrine de l'organisme. Les peptides digestifs sont produits par des cellules endocrines généralement isolées et disséminées au milieu des autres cellules épithéliales, de l'estomac au côlon. Cette disposition leur permet d'être en contact avec des composants spécifiques de l'alimentation et des bactéries intestinales qui contrôlent leur synthèse et sécrétion. Ces peptides, par voie d'action endocrine ou paracrine, participent au contrôle des grandes fonctions digestives : sécrétions exocrines, réponse insulinique postprandiale, motricité, immunité intestinale, trophicité des épithéliums. Le contrôle de l'homéostasie de l'épithélium dépend également du système nerveux entérique qui comporte un ensemble de neurones peptidergiques. Les peptides libérés au niveau des fibres nerveuses modulent l'activité des fibres musculaires lisses, des cellules épithéliales, d'autres neurones des plexus intestinaux ou pancréatiques, et des cellules immunitaires.