La muqueuse buccale est constituée par une mosaïque de domaines hétérogènes adjacents. Elle constitue le revêtement de la cavité orale. Certains domaines résultent de la présence d'un épithélium orthokératinisé, tandis que d'autres sont parakératinisés. Les épithélia orthokératinisés sont formés d'abord par une assise basale, dite « germinative », comprenant des cellules souches, des cellules d'amplification et des cellules structurales. Elles sont ancrées sur une membrane basale par des hémidesmosomes. Puis elles se détachent, deviennent suprabasales et entreprennent leur différenciation en cellules épineuses, granulaires et cornées, passant de l'état de kératinocytes à celui de cornéocytes. Des modifications de structure et de composition se produisent à chacune de ces étapes. Les noyaux deviennent pycnotiques. Des protéines renforcent la face interne des membranes péricellulaires. Des phospholipides sont synthétisés et sécrétés. Ils investissent les espaces intercellulaires, contribuant à la formation d'une barrière de perméabilité. Les épithélia parakératinisés se différencient au-dessus d'une couche germinative en une couche filamenteuse. Les cellules non kératinisées restent nucléées et sont libérées dans la cavité buccale sans aboutir au stade de cornéocytes. Tandis que 90 % des cellules épithéliales sont des kératinocytes, 10 % sont des cellules épithéliales non kératinocytes. Il s'agit de mélanocytes, responsables de la pigmentation de la muqueuse, de cellules de Langerhans, cellules dendritiques impliquées dans la réaction immunitaire, et de cellules de Merkel associées à l'innervation intraépithéliale. Sous la membrane basale, la lamina propria, incluant les couches papillaire et réticulaire, ainsi que la sous-muqueuse forment le chorion conjonctif. On distingue entre la muqueuse masticatoire (gencive et palais dur), incluant une structure particulière : l'épithélium de jonction, la muqueuse de recouvrement (labiale, palatine, vestibulaire, du plancher de la bouche, et des faces latérales de la langue), tandis que la muqueuse des lèvres et celle de la face dorsale de la langue constituent les éléments composants la muqueuse spécialisée.