La génétique somatique du mélanome (MM) a énormément progressé ces dernières années. La découverte des mutations des gènes BRAF, NRAS et KIT a révolutionné le traitement du MM et a permis l’élaboration de thérapies ciblées. Toutefois, il existe une grande variabilité génétique tumorale selon le type anatomo-clinique et le stade de la maladie. Nous avons développé un panel de marqueurs génétiques à visée diagnostique et théranostique dédié au mélanome.

Après extraction, l’ADN tumoral de 118 tumeurs (44 métastases de MMs, 46 SSMs, 11 MMs acrolentigineux, 5 MMs nodulaires, 2 MMs de Dubreuilh et 3 MMs spitzoïdes) et 73 nævus (50 nævus banals, 18 dysplasiques et 5 spitzoïdes), a été séquencé à l’aide d’un panel composé de 15 gènes (ALK, BRAF, CDKN2A, CTNNB1, GNA11, GNAQ, KIT, NOTCH1, NOTCH2, NRAS, RAC1, RAF1, SF3B1, TERT, et TP53) sur un séquenceur de nouvelle génération (PGM) en utilisant des puces 318 avec une profondeur>5000x. L’analyse des variants a été faite par des logiciels dédiés (Ion Reporter, wAnnovar) et seuls les variants avec une fréquence allélique<1 % et ayant un score de qualité suffisant ont été retenus.

Le séquençage a montré la présence de très nombreuses mutations (faux sens, non-sens, frameshift, épissage et dans les régions 5′ et 3′ UTR). Dans les nævus banals, à l’exception des mutations BRAF (V600E et V600K, présentes dans 86 % des nævus), il n’y avait pas d’autre mutation. Dans les mélanomes, les gènes les plus fréquemment mutés étaient par ordre de fréquence BRAF (32 %), NRAS (21 %), TP53 (16 %), KIT (10 %), CDKN2A (8 %) et TERT (3 %). Le pourcentage de mutations dans les mélanomes variait de 55 % dans les tumeurs primitives de MM de faible épaisseur (Breslow<1mm) à 90 % dans les tumeurs métastatiques.

Quatre-vingt pour cent des mutations étaient des transitions C>T ou CC>TT reflétant la mutagenèse induite par les UV. Nous avons également constaté la présence d’au moins une mutation dans l’un de ces gènes dans 33 % des nævus atypiques et spitzoïdes (40 % de ces mutations ont été rapportées dans les bases de données COSMIC). La comparaison de la proportion de mutations somatiques entre les différents types de nævius, les tumeurs ayant une faible épaisseur et les tumeurs métastatiques a clairement montré une accumulation des mutations somatiques au cours du développement de la tumeur.

Cette puce dédiée au MM est intéressante à plusieurs titres : grande sensibilité, identification rapide de cibles thérapeutiques. En outre, cette puce pourrait aider au diagnostic de MM dans le cas de lésions pigmentées atypiques, de diagnostique difficile et incertain (lésions atypiques et spitzoïdes). Un algorithme de diagnostic a été mis au point à partir du profil mutationnel. Dans un deuxième temps, ce panel de marqueurs sera utilisé pour détecter l’ADN tumoral circulant dans le plasma de patients atteints de MM métastatiques.