Escherichia coli est la bactérie aéro-anaérobie facultative commensale de l’intestin de l’Homme et des autres mammifères la plus abondante. Il s’agit également du premier agent responsable d’infections extra-intestinales. Depuis les années 2000, on la retrouve au premier rang des espèces clés impliquées dans l’émergence et la diffusion des résistances acquises aux antibiotiques, servant entre autre de vecteur aux gènes codant pour les β-lactamases à spectre étendu de type CTX-M. De par son spectre d’hôtes très large, E. coli est donc au centre d’un véritable enjeu de santé publique mondiale. Dès lors, il est important d’étudier la structure génétique de la population d’E. coli dans le tube digestif, fruit de pressions de sélection qui découlent à la fois de son environnement immédiat, et de celui de son hôte. L’espèce se décline en 7 groupes phylogénétiques principaux A, B1, B2, C, D, E et F. Les souches de ces groupes phylogénétiques ont des capacités de colonisation du tube digestif et de pathogénicités intestinales et extra-intestinales différentes. Le caractère particulièrement virulent des souches pathogènes du groupe B2 serait une conséquence secondaire de leur aptitude à coloniser de manière efficace le tube digestif d’un individu. Cette dualité entre commensalisme et pathogenèse opportuniste fait de E. coli un parfait marqueur pour surveiller l’émergence au sein des flores commensales de souches potentielles virulentes et résistantes aux antibiotiques.

Escherichia coli is the most common commensal aerobic bacterium in the gut microbiota of human and others mammals. It can nevertheless cause a broad range of diseases from various diarrheal diseases to extra-intestinal diseases. Since 2000, it is one of the most abundant bacterium that participate to the emergence and diffusion of factors coding for resistance to antibiotics, for example, genes coding for extended spectrum β-lactamases, such as CTX-M. Because of its broad host spectrum and the severity of the diseases it causes, the fight against resistant pathogenic E. coli is a priority for the world health. It is therefore valuable to study the genetic structure of the gut E. coli populations, where drivers such as antibiotic treatments lead to the emergence and diffusion of resistance genes. The species is divided in seven main phylogenetic groups named A, B1, B2, C, D, E and F. The gut colonization efficiency and the ability to cause intestinal or extra-intestinal diseases vary among these groups. The virulence of the pathogenic strains of the phylogenetic group B2 could be a by-product of their great ability to colonize the gut. E. coli is a good marker to survey the emergence in the gut microbiota of resistant pathogens, because of its dualism between commensalism and pathogenicity.