La principale indication des antidépresseurs est la dépression bien que ces médicaments possèdent aussi une indication dans d'autres types de troubles tels que les troubles anxieux. Le mécanisme d'action principal des antidépresseurs est leur action régulatrice sur différentes voies de neurotransmission. Le choix de la molécule, de la dose et les modalités de prescription sont basés sur de multiples facteurs liés au traitement, à l'individu et à la symptomatologie présentée. Connaître ces facteurs guide la prescription en vue d'une efficacité et d'une tolérance optimales. Dans certaines populations précises, la prescription doit être adaptée, en particulier chez l'enfant, l'adolescent, le sujet âgé et la femme enceinte. Enfin, concernant les effets secondaires des antidépresseurs, ceux-ci dépendent essentiellement de la classe médicamenteuse du médicament, mais également de la molécule elle-même. Ces effets sont à prendre en compte dans le choix du traitement. Ils sont par ailleurs la principale cause de mauvaise observance thérapeutique et d'arrêt du traitement.