The human gut microbiome can now be characterized in unprecedented detail by an approach based on high-throughput sequencing of total stool DNA, that we name quantitative metagenomics. Central to the approach is a catalog that lists all the genes of intestinal microbes that are known – 9.9 millions, identified by the analysis of 1267 stool samples. Beyond the gene list, genetic units that carry them begun to be known; many of these correspond to bacterial species that were never isolated and cultured yet. Quantitative metagenomics allows developing powerful algorithms to diagnose a disease, monitor patients and identify individuals at risk to progress towards a disease. This lays ground for developing new approaches to better restore and even preserve the health by modulation of the altered microbiome, which contributes to promote or aggravate a disease.

Le microbiote intestinal humain peut maintenant être caractérisé en détail par une approche basée sur le séquençage à haut débit de l’ADN total des selles, que nous appelons métagénomique quantitative. Le cœur de l’approche est un catalogue qui répertorie tous les gènes des microbes intestinaux qui sont connus – 9,9 millions, identifiés par l’analyse de 1267 échantillons de selles. Au-delà de la liste des gènes, les unités génétiques qui les portent commencent à être connues ; beaucoup d’entre elles correspondent à des espèces bactériennes qui n’ont jamais été isolées et encore moins cultivées. La métagénomique quantitative permet de développer des algorithmes puissants pour diagnostiquer une maladie, de surveiller les patients, ainsi que d’identifier les personnes qui présentent un risque de développer une maladie. Cela jette les bases du développement de nouvelles approches pour mieux restaurer et même préserver la santé par modulation d’un microbiote altéré qui contribue à favoriser ou à aggraver une maladie.