Quand le bilan clinique et d'imagerie ne retrouve pas d'anomalie susceptible d'expliquer une douleur périnéale, on évoque classiquement les hypothèses de prostatite chronique (syndrome douloureux chronique pelvien), de vulvodynie, de proctalgie chronique. Cette approche par pathologie d'organes mérite d'être élargie au concept de douleur fonctionnelle périnéale incluant des névralgies (névralgie pudendale, névralgie clunéale inférieure), des douleurs myofasciales, des douleurs projetées d'origine rachidienne. Les éléments cliniques d'orientation sont basés sur la topographie de la douleur : territoire anatomique pudendal (le périnée) ou clunéal inférieur (ischiatique et pli génitofémoral), les facteurs de déclenchement (influencé par la position assise dans les névralgies pudendales et clunéales), la nature neuropathique, le rythme de la douleur (absence de réveil nocturne par la douleur dans les douleurs fonctionnelles), les données de l'examen clinique (absence d'hypoesthésie, points gâchettes musculaires, douleurs rachidiennes thoracolombaires). L'imagerie n'est pas informative et sa normalité ne permet pas de conclure à une origine psychogène. Une approche symptomatique évaluant tous ces éléments, mais également les troubles fonctionnels associés (urinaires, digestifs et sexuels), les phénomènes de sensibilisation pelvienne ou généralisée, les éléments émotionnels, permet d'envisager une prise en charge thérapeutique basée sur cette analyse clinique.