Identification of clinically relevant Corynebacterium strains by Api Coryne, MALDI-TOF-mass spectrometry and molecular approaches - 18/09/15
, A. Ferjani a, O. Gaillot a, M. Marzouk a, R. Courcol b, J. Boukadida aBienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
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Abstract |
We evaluated the Bruker Biotyper matrix-assisted laser desorption ionization–time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometry (MS) for the identification of 97 Corynebacterium clinical in comparison to identification strains by Api Coryne and MALDI-TOF-MS using 16S rRNA gene and hypervariable region of rpoB genes sequencing as a reference method. C. striatum was the predominant species isolated followed by C. amycolatum. There was an agreement between Api Coryne strips and MALDI-TOF-MS identification in 88.65% of cases. MALDI-TOF-MS was unable to differentiate C. aurimucosum from C. minutissimum and C. minutissimum from C. singulare but reliably identify 92 of 97 (94.84%) strains. Two strains remained incompletely identified to the species level by MALDI-TOF-MS and molecular approaches. They belonged to Cellulomonas and Pseudoclavibacter genus. In conclusion, MALDI-TOF-MS is a rapid and reliable method for the identification of Corynebacterium species. However, some limits have been noted and have to be resolved by the application of molecular methods.
Le texte complet de cet article est disponible en PDF.Résumé |
Objet de l’étude |
Le but de notre travail est d’évaluer l’intérêt de la spectrométrie de masse MALDI-TOF pour l’identification d’espèces de Corynebacterium d’importance médicale, en comparant ses performances à celles du système biochimique Api Coryne et les approches moléculaires (séquençage des gènes rpoB et ARNr 16S)
Méthode |
Quatre-vingt-dix-sept souches cliniques appartenant au genre Corynebacterium isolées au CHU F. Hached, Sousse, Tunisie de différents prélèvements cliniques ont été étudiées à la fois en spectrométrie de masse (Microflex, Bruker Daltonics) et par les galeries Api Coryne. Lorsqu’il existait une discordance entre les identifications MALDI-TOF et Api Coryne, l’identification génotypique (16 rRNA et rpoB) était prise en compte et considérée comme référence.
Résultats |
Parmi les 97 isolats analysés, 88,65 % ont été identifiés de façon concordante par les systèmes Api Coryne et Microflex. Quatre-vingt-douze isolats, 94,84 % ont été correctement identifiés à l’espèce par spectrométrie de masse, mais ce système demeure incapable de différencier C. aurimucosum du C. minutissimum et du C. singulare. Enfin, deux souches, ni l’identification Microflex ni celle de l’Api Coryne n’était fiable et l’identification génétique de ces souches reste insuffisante suggérant deux nouvelles espèces.
Conclusion |
Les galeries miniaturisées présentent certaines limites et sont insuffisantes pour l’identification fiable des corynébactéries. Les résultats obtenus montrent que les performances de la spectrométrie de masse sont comparables à celle des techniques moléculaires de référence.
Le texte complet de cet article est disponible en PDF.Keywords : Identification, Corynebacterium spp., MALDI-TOF-MS, rpoB, 16S rRNA gene sequencing
Mots clés : Identification, Corynebacterium, Api Coryne, SM-MALDI-TOF, rpoB, Séquençage, 16S rRNA
Plan
Vol 63 - N° 4-5
P. 153-157 - septembre 2015 Retour au numéro
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- Editorial board
- Genetic, biochemical characterization and mutagenesis of the chromosomal class A ?-lactamase of Raoultella (formerly Klebsiella) terrigena
- E. Walckenaer, J. Delmas, V. Leflon-Guibout, R. Bonnet, M.-H. Nicolas-Chanoine
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