Rapid identification of bacteria, mecA and van genes from blood cultures - 05/11/07
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Abstract |
The Genotype technology, a quick molecular genetic assay based on DNA multiplex amplification with biotinylated primers followed by hybridization to membrane bound probes, complies with the requirements for a fast diagnosis of sepsis. We evaluated the new Genotype®BC Gram-negative and Gram-positive test kits (Hain Life Science, Germany) which respectively allow for the identification of 15 species of Gram-negative (GN) rods, and the identification of 17 Gram-positive (GP) bacteria species together with the determination of methicillin and vancomycin resistance (mecA and van genes). The study was performed on 60 positive blood cultures from BacT/ALERT bottles (aerobic, anaerobic and pediatric bottles). First, a Gram stain was carried out to select between Genotype®BC GP or GN test, then identification were performed by the Genotype®BC tests and by biochemical conventional tests after subculture and phenotypic susceptibility determination. The operating procedure was very easy to carry out and required a small amount of starting material (5 to 10 μL of blood culture). The results were available within 4.5 hours. For all the blood cultures, the Genotype®BC results correlated with the biochemical identification and phenotypic antibiotics susceptibility. According to our results, this DNA strip technology based assay can easily be incorporated into routine diagnosis.
Le texte complet de cet article est disponible en PDF.Résumé |
La technologie du test Génotype, un système d'identification génique basé sur une amplification multiple d'ADN avec des amorces biotinylées suivies d'une hybridation aux sondes fixées sur membrane, répond aux exigences d'un diagnostic rapide dans le cadre des septicémies. Nous avons évalué les deux nouveaux tests Génotype®BC (Hain Life Science, Germany, Biocentric) qui permettent l'identification de 15 espèces de bacilles Gram-négatifs (GN) ou de 17 Gram-positifs (GP) et de plus la détermination de la résistance à la méthicilline et la vancomycine (gènes mecA et van) dans une seule étape. L'étude a été réalisée sur 60 flacons d'hémocultures BacT/ALERT de type aérobie, anaérobie ou pédiatrique. Dans un premier temps une coloration de Gram a été effectuée pour le choix du test GN ou GP; puis l'identification a été réalisée à la fois par le test Génotype et, après subculture, par les techniques biochimiques classiques ainsi que par la détermination phénotypique de la sensibilité à la méthicilline et la vancomycine. La manipulation s'est avérée très facile, ne demandant que 5 à 10 μL de bouillon de culture. Le temps nécessaire pour obtenir les résultats était de 4,5 heures environ. Pour toutes les hémocultures, les résultats obtenus avec le test Génotype®BC correspondaient à ceux attendus. La méthode des tests Génotype® de bandelette d'hybridation d'ADN peut être facilement incorporée à la panoplie des tests de routine.
Le texte complet de cet article est disponible en PDF.Keywords : Gram-positive and Gram-negative bacteria PCR identification, Genotype®BC test, Identification directly from blood culture bottles, Multiplex PCR, DNA strip system
Mots clés : Identification par PCR des bactéries Gram-positif et Gram-négatif, Identification bactérienne directement à partir des flacons d'hémocultures, PCR multiple, Système de bandelette ADN, Test Génotype®BC
Plan
Vol 55 - N° 8-9
P. 375-377 - novembre 2007 Retour au numéroBienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.
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