Détermination du statut d’hyperméthylation des corticosurrénalomes par séquençage haut débit - 10/09/15
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Résumé |
L’hyperméthylation de l’ADN des corticosurrénalomes dans les régions promotrices des gènes (ilôts CpG) est de mauvais pronostic, de même que les mutations de quelques gènes conducteurs.
Objectif |
Mesurer la méthylation des îlots CpG par séquençage haut-débit. Ainsi les mutations et l’hyperméthylation seraient étudiés dans une seule expérience de séquençage (prédicteur moléculaire pronostique). Principe général : traitement de l’ADN par bisulfite, puis séquençage ; les cytosines non méthylées deviennent des thymidines, alors que les cytosines méthylées restent des cytosines.
Méthode |
Les séquences d’îlots différentiellement méthylés (d’après le méthylome de 45 corticosurrénalomes, Illumina 27k) sont soumises au logiciel MethPrimer, afin d’obtenir des amorces PCR n’amplifiant que l’ADN modifié par bisulfite (bisulfite-spécifique), que l’îlot soit méthylé ou non (méthyl-insensible). L’ADN tumoral est traité par bisulfite (EZ-DNA-Methylation-Gold, Epigenetics-Cie), puis amplifié (TaqGold, LifeTechnologies). Le séquençage haut débit par PGM IonTorrent (LifeTechnologies) est aligné par un programme spécifique (code R).
Résultats |
Trente-cinq îlots sur 55 les plus significativement hyperméthylés (d’après le méthylome) permettent le dessin de couples d’amorces PCR bisulfite-spécifiques et methyl-insensibles. Huit de ces 35 îlots ont pu être amplifiés depuis un ADN-test traité par bisulfite. Le séquençage a généré une profondeur moyenne de 4000×, aligné par notre programme spécifique. Pour chaque CpG, les C (cytosines méthylées) et les T (cytosines non méthylées) ont été comptées. L’efficacité de l’approche est confirmée sur 6 corticosurrénalomes de méthylation variable.
Conclusion |
Le statut de méthylation d’une tumeur peut être déterminé par séquençage ciblé direct de l’ADN traité par bisulfite.
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Vol 76 - N° 4
P. 372 - septembre 2015 Retour au numéroBienvenue sur EM-consulte, la référence des professionnels de santé.